Kudüs Zekât Komisyonu, Mescid-i Aksa’nın batı tarafındadır. 1988 yılında açıldı. Komisyon, Vakıflar Daire Başkanlığına bağlıdır ve alınan yardımlarla Mescid-i Aksa’ya katkı sağlamaktır. Önemli projelere imza atan komisyon halen aktif bir şekilde çalışmaktadır. En bilinen faaliyetleri;

• Kurban, nezir, akika kurbanlarını kesip fakirlere dağıtımı,
• Ramazan’da iftar sahur ikramları
• İhtiyaç sahipleri için yardım paketleri ve yakacak dağıtımı
• Esirlerin ailelerine sürekli düzenli bir şekilde yardım yapıyor.
• Talebelere okul çantası ve kırtasiye malzemesi dağıtımıdır.