Sultaniye Medresesi olarak da bilinir ve Mescid-i Aksâ’nın batı tarafında yer alır. Emir Hasan ez-Zâhirî tarafından 1470 yılında inşa edilmiştir. Ancak Kudüs ziyareti sırasında Sultan Kayıtbay’ın hoşuna gitmediği için yıkılarak 1480 yılında yeniden inşa edilmiştir. Bu medresenin yarısı Mescid-i Aksâ’nın içinde yer alırken diğer yarısı Aksâ sınırlarının dışında kalmaktadır. İki kattan oluşan medresenin üst katının büyük bir bölümü yıkılmıştır. Kızıl ve beyaz renkli taşlarla süslü, güzel bir girişi bulunmaktadır. Önceleri Hanbelî Mescidi olarak kullanılan bir mescidi de vardır. İçinde iki adet kabir bulunmaktadır ki bunlardan birinin Şeyh Halil’e ait olduğu düşünülmektedir. Medresenin büyük bölümü bugün Aksâ Kız Şeriat Lisesi olarak kullanılmakta, diğer bölümü Mescid-i Aksâ El Yazmaları Kurumu olarak hizmet vermektedir. Küçük bir kısmı ise ikamet amacıyla kullanılmaktadır.