İslam Müzesi Mescid-i Aksa’nın güneybatı köşesindedir. Fiziki yapısı L harfi şeklindedir ve büyük bir kısmı Megaribe Mescidi tarafında kalan kısmı Kadınlar Mescidinin bir parçasıdır. 1923 yılında Yüksek İslam Konseyi tarafından müzeye dönüştürüldü. Mescid-i Aksa’nın kültürel mirasının en önemli yapılarından bir tanesidir ve nadir bulunan birçok kıymetli esere ev sahipliği yapmaktadır.

• 650 adet el yazma Mushaf
• Memluklular döneminden kalma dünyanın en büyük yazma Kur’an-ı Kerim’i
• Memluklular döneminden kalma 900 vesika belge bulunmaktadır.
• Osmanlı ve diğer dönemlerden kalma birçok eserler
• Farklı dönemlere ait Mescid-i Aksa’ya gönderilmiş hediyeler bulunmaktadır.
• Osmanlı döneminden kalma ramazan topu,
• Hürrem Sultan imaretinin mutfak malzemeleri ve
• 1969 yılında yakılan Nureddin Zengi minberinden kalan parçalarda müzede sergilenmektedir.

Müze, her pazar gününden perşembe gününe kadar saat 09:00 dan saat 14:00'e kadar ziyarete açıktır.