Kıble Mescidi ile aynı seviyede bulunan büyük bir yapıdır. Mescidin batı duvarına doğru uzanır. Eyyubiler döneminde kadınlara ait namazgâh olarak inşa edilmiştir. Bugün için bir bölümü müze ve diğer bölümü genel kütüphane olmak üzere iki bölüm halinde kullanılmaktadır. Haçlılar tarafından tapınak şövalyelerinin yemekhanesi olarak kullanılmıştır. Ancak sonraki dönemlerde üç bölüme ayrılarak üç farklı amaca hizmet etmektedir.

Günümüzde ise Mescidin güneybatı bölümü İslam Müzesi’nin güney salonunu teşkil etmektedir. Orta bölümü Davet ve ilahiyat fakültesinin merkezi olarak kullanılırken, kalan bölüm Mescid-i Aksa’nın ana kütüphanesi olarak hizmet vermektedir.