Mescid-i Aksa’nın batı surlarında bulunan medrese, Mathara kapısının güneyinde yer almakta olup, ayrıca güney tarafından da Eşrefiye medresesine bitişiktir. Medrese iki kattan oluşmaktadır. Medresenin bir kısmı Mescid-i Aksa’nın içinde, bir kısmı ise dışındadır. Medrese ilk olarak 1436 yılında (hicri 839) Memluk Sultanı Eşref Baybars döneminde inşa edilmiştir. Osmanlı Devleti’nin Kudüs’ü fethi sonrasında ise medreseyi, Osmanlı ailesinden Mahmut Bey’in kızı İsfahan Şah Hatun eğitim ve hayır faaliyetleri için vakfetmiştir. Medrese Mescid-i Aksa’nın avlusuyla eşit seviyededir. Binada bulunan namazgâh Mescid-i Aksa meydanına bakmakta olup, Yahudiler tarafından işgal edilmiş ve pencereleri taşlarla kapatılmıştır. Ancak bina halen daha Müslüman ailelerin ikametgâhı olarak kullanılmaktadır.