Kubbe; Mervan Mescidi’nin güneydoğu köşesinde bulunmaktadır. Fatımiler döneminde yapıldı, Eyyubiler ve Osmanlı zamanında da yenilendi. Kubbenin gerçek tarihi ile ilgili olarak farklı görüşler bulunmaktadır. Osmanlılar döneminde 1898 yılında (hicri 1315) restore edilmiştir. Bu restorasyon sırasında mermer beşiğin üzerinde dört sütunlu küçük kubbe bunun üzerine de süslemeler ilave edildi.

Kubbe; dikdörtgen şeklinde 4x7 m² ölçülerindedir. Küçük bir kapı ile Mervan Mescidi'ne açıklamaktadır. Bu kapı Mervan Mescidi'nde yapılan kapsamlı restorasyon sırasında kapatılmıştır.

İsa (as)'ın küçük bir çocukken burada uyuduğu iddiası ciddi bir delile dayanmamaktadır. Fatımiler döneminde bu küçük odanın içerisinde mihrabın önünde namaz kılınmaya başlandı ve bu sebeple mekân Mehdi İsa Mescidi olarak anılmaya başlandı. Genel kanaat İsa (as)'ın hatırasını canlı tutmak amacıyla yapıldığıdır.